创新创业学院成立于2024年，是一个具有创新创业教育管理和教学的二级单位，具备科技成果转化、产学合作和项目孵化的职能。下设办公室、教学办公室、创新创业训练管理办公室、学科竞赛管理办公室、创业指导中心、孵化基地管理办公室。

学院围绕中医药拔尖创新人才培养目标和国内一流中医药大学建设蓝图愿景，积极转变办学理念、转化办学资源，以“双转”促“双创”，构建“以创立人、五创融合”创新创业教育体系，提升大学生用课堂和实验室学到的知识解决实际问题的能力，在创新实践中增本领、长才干。

学校获评全国创新创业典型经验高校、省创新创业教育指导委员会课程与教材建设委员会组长单位；创新创业教育获山东省教学成果一等奖3项、二等奖2项，《创业基础》获评国家一流课程。学校获中国国际大学生创新大赛（暨“互联网+”大赛）金奖3项、银奖10项、铜奖13项，“挑战杯”系列竞赛国家二等奖1项、三等奖6项，中国国际大学生创新大赛金奖数位居全国中医药院校第一位；获“学创杯”全国大学生创业综合模拟大赛特等奖1项、一等奖2项，全国大学生服务外包创新创业大赛一等奖3项，全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛金奖1项、银奖1项、铜奖4项，山东省大学生科技创新大赛一等奖4项、二等奖7项、三等奖16项；入围全国大学生创新创业年会展示项目5项，并获“十佳创业项目”1项。在第二届、第三届全国中医药院校大学生创新创业大赛中，累计获得金奖12项，金奖数位居中医药院校第一位。学校创业大学生连续四届获评“山东大学生十大创业之星”荣誉称号，优秀创业大学生王升光入选教育部“闪亮的日子-青春该有的模样”创新创业典型人物，李金熹获评中国青年创业英雄100强。